故事發生在東京八丈島的海岸外，那裡正在建造“太平洋男孩”，這是一個與世界各地警方監控攝像頭相連的海上設施。在該設施正式開放之前，來自世界各地的 IT 工程師都在現場與歐洲刑警組織的司法管轄區進行交流。與此同時，一項使用面部識別的“新技術”正在測試中…… 另一方面，柯南和少年偵探隊應園子的邀請來到八丈島看鯨魚。與此同時，柯南接到衝矢青（赤井秀一飾）的電話，得知歐洲刑警組織的一名成員在德國被仁殺害。為了調查真相，柯南潛入了黑田平和其他在“太平洋浮艦”上執勤的警視廳的巡邏艇，並潛入了設施。然後，就在系統啟動準備工作順利進行的時候，一件事發生了——一名女工程師被黑組織綁架，她手裡拿著一些數據的U盤也黑了。手海中傳來可怕的螺旋槳聲。就在此時，八丈島上的海源之眼附近，一道黑影正悄悄逼近。