香港非典疫情過後，人們終於從黑暗中走出來。當腦外科醫師程吉米（吳啟華飾）得知前女友過世的消息後，突然情緒激動，自責自責，陷入憂鬱。驗屍官順雅慶（黎姿飾）陪伴他，鼓勵他重建信仰。急診醫師李國素（林保怡飾）結束了與女友的關係，卻與骨科醫生葉濤（吳美恆飾）、鄭書琪醫生（劉蓓兒飾）陷入了三角戀。心臟科醫生林敏芝（陳浩飾）不幸感染非典，離開續集。為了維護名譽，他隱瞞了自己的病情，但病情日益惡化。婦產科醫生萬安生（邵美琪飾）和急診醫生江長仁（高永蓮飾）打算住在一起。但由於護士泰玉英（姚建一飾）的介入，他們面臨情緒考驗。《妙手3》是香港TVB製作的現代醫學紀錄片電視劇《妙手》的第三部。製片人齊齊一和編劇周旭明的黃金組合精心打造了這部「大師系列」。該系列的風格延續了前兩個系列的經典特徵。一如既往，醫護人員協助現場拍攝，值班醫護人員繼續故事…