幾年前，人們利用超級戰艦“太空飛行”號在南極擊敗了“哥吉拉”，並將“哥吉拉”鎖在了地下。但除了「哥吉拉」之外，地球上還有很多其他怪物守護著人類的城市。於是，人類成立了「地球防衛部」來對抗各種怪物的攻擊。地球國防部最強大的成員是「獵人」哥吉拉，他的隊長「道格拉斯·戈登上校」被封印。除此之外，地球防衛部也特別挑選了具有特殊能力的人來解決怪物帶來的問題。這些“超人”擁有正常人類所沒有的“M染色體”，因此這些人類的實力非常強大。超人的身體能力和應對惡魔攻擊的敏捷性。其中最主要的是「大崎新一少尉」。很久以前，出土了一個巨型怪物的遺骸，而這個怪物同時具有機械和生物本質，人們懷疑一種能夠將生物和機械結合在一起的怪物可能來自外太空。很快，尾崎新一就收到了寶貝島「小美女」的警告。這個怪物就是“Kiken”，後來被“Mothra”封印。凱根的出現預示著人類的危機。凱發現後不久，世界各地的怪物突然同時襲擊，導致地球防衛部一時間忙得不可開交。但一架神秘飛機突然出現，帶走了所有這些怪物。這些外星訪客稱自己為“X行星”，並聲稱自己是人類的朋友，要與人類結盟，一顆巨大的行星即將入侵地球。然而，在大崎新一、道格拉斯等人的研究中，他們發現並不存在與地球相撞的神祕行星。而這些怪物基本上都是入侵地球的外星人釋放出來的。 X星球基本上就是想把人類當食物。當外星人的真實身份被揭露時，有令人難以置信的超能力和巨大的怪物聽從外星人的命令。地球的防禦終於被摧毀，只剩下洪天屹立不倒。這次，道格拉斯提出了一個大膽的計劃，要解開哥吉拉在南極洲的封印，讓哥吉拉這個地球上最強大的怪物來面對這些外星入侵者…